本部下轄五個專業學系，分別為航太、航機、航電、航管及應外等五個系，在通識及專業課程規劃上與民間大學相似，另配合本軍特性及未來任務需求，融入部分選修課程；軍事學、術科訓練則安排於每年的寒、暑訓進行，以培養允文允武的領導幹部。
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